La Scuola universitaria di Musica fa capo ai Sistemi di gestione della qualità della Fondazione Conservatorio della Svizzera italiana e della Scuola universitaria professionale della Svizzera italiana (SUPSI).
Il Sistema di garanzia della qualità della SUPSI è costituito da:
Il Manuale Qualità della Scuola universitaria di Musica del Conservatorio (MQ CSI-SUM) è concepito nel rispetto, da una parte, del SGQ SUPSI, e dall'altra, del SGQ CSI. La SUM, in effetti, essendo al contempo sia un Dipartimento del CSI, sia una Scuola affiliata alla SUPSI, è tenuta a osservare contemporaneamente le normative, accordi, statuti e orientamenti strategici delle due istituzioni.
Il MQ CSI-SUM è inoltre strutturato nel rispetto dei termini stabilità nel Contratto di affiliazione della SUM alla SUPSI che garantisce alla SUM un'integrazione accademica e un'autonomia amministrativa, e oltre a osservare le normative e documentazione di riferimento applicate in SUPSI, per ognuno dei processi da esso contemplati tiene conto dello Statuto della Fondazione Conservatorio della Svizzera italiana, il suo Regolamento organizzativo, la sua Strategia e struttura governativa.
I programmi di studio della Scuola universitaria di Musica del Conservatorio sono stati revisionati nel 2026 secondo gli standard di MusiQuE, che rende disponibile il rapporto finale della commissione sul loro sito alla sezione Review reports.